《勇者斗恶龙3：HD-2D重制版》中游戏的难度也是有很多等级的，不同难度的区别也很大，首先是简单难度，队伍在战斗中永远不会被全灭，无论失去多少生命值，队伍造成的伤害更高，一些boss不会在每回合恢复生命值。
在《勇者斗恶龙 3 HD-2D 重制版》中，有三种难度设置，分别是：简单、普通和困难三个选项。
难度名称及效果
简单
队伍在战斗中永远不会被全灭，无论失去多少生命值。
队伍造成的伤害更高。
一些boss不会在每回合恢复生命值。
普通
队伍和怪物的伤害根据各自的属性正常计算。
一些boss会在每回合恢复生命值。
困难
所有boss的生命值更多，一些会在每回合恢复生命值。
敌人造成的伤害更高。
队伍对敌人的弱点攻击造成的伤害较低。
队伍在战斗胜利后获得的金币和经验更少。
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